VisualDiffer предоставляет возможность сравнивать папки и файлы бок о бок, используя цвета для визуального отображения различий. В интерфейсе программы можно выполнять различные операции с папками и файлами, такие как копирование и удаление. Аналогом быстрого выбора каталогов из контекстного меню является возможность быстро выбрать базу каталогов папки. Особенностью программы является возможность использования фильтра файлов для скрытия некоторых файлов от визуализации, таких как .Git, .SVN каталоги или файлы .DS_Store. Сравнение папок можно выполнить различными методами, включая быстрое сравнение только дат и размеров в байтах, а также сравнение в байтах с использованием более детального алгоритма. Для сравнения файлов используется команда Unix Diff, что делает результат быстрым, стандартным и надежным. Также возможно сохранить сессии работы и быстро открыть их снова для сравнения каталогов иерархии или двух конкретных файлов.