События игры Deus Ex: Mankind Divided происходят в будущем, где человечество разделилось на две группы. Одна группа состоит из обычных людей, а вторая - из людей, которые использовали механические улучшения для своих тел и получили сверхчеловеческие способности. Первых отвергли и вынудили жить в изгнании. Главным героем игры является Адам Дженсен - человек, который на половину состоит из протезов и модулей. В сюжете герой присоединяется к сопротивлению и становится тайным агентом с задачей приблизиться к мегакорпорации и раскрыть всемирный заговор. Игра рекламируется как стелс-экшен с акцентом на скрытое прохождение. Однако игрокам не запрещено выполнять миссии открыто и силой. В отличие от Deus Ex: Human Revolution, искусственный интеллект врагов в Mankind Divided стал намного лучше, а главный герой получил новые возможности, такие как сканирование противников и взламывание электроники на расстоянии с помощью специального модуля Дженсена.