Super Nano Blaster - это вертикальный скролл-шутер со сверху видом и головоломочными элементами игры. В игре есть возможность играть в одиночном режиме или в локальном мультиплеере, где два игрока могут играть за одним компьютером на разделенном экране. Игра включает в себя классический и бесконечный режимы. В классическом режиме доступно 7 уровней, и после поражения вам не придется проходить все уровни сначала, так как на картах расставлены контрольные точки. Перед началом уровня вы можете выбрать из 5 уровней сложности: easy, normal, hard, expert и black hole. Враги сбрасывают сферы при уничтожении, которые вам нужно собирать, чтобы зарабатывать очки и заполнять специальную шкалу. Когда шкала полностью заполняется, у игрока есть возможность использовать способность Overclock, что существенно повышает огневую мощь.